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仲裁程序开始后，无论是申请人还是被申请人，如果对仲裁协议的效力有异议，应及时提出，这是大多数国家的仲裁法和仲裁机构的仲裁规则所要求的，否则可能构成弃权或默示。当事人及时提出仲裁协议效力异议，有助于保证仲裁程序在尊重当事人意思及法律规定的基础上进行，也有助于仲裁庭及时确定自己的管辖权，以免无谓浪费当事人的时间、精力和金钱。当然，当事人一旦提出了管辖权异议，仲裁庭必须先行作出初步决定或者中止仲裁程序直到有权机构作出肯定仲裁管辖权的决定。因此，实践中常有当事人以此作为拖延时间的手段。更有甚者，有的当事人不及时行使权利，直到仲裁裁决作出后才要求管辖法院以仲裁管辖权存在问题为由而撤消或拒绝执行该裁决，使整个仲裁程序失去意义。因此，规定当事人提出仲裁协议效力异议的时间就显得尤为重要，根据研究，提出异议的时间主要有以下几种情况：
1、第一次实体答辩之前。当事人如有管辖权异议(包括协议效力异议)，应在其提交第一次实体答辩前提出。
2、第一次开庭之前。我国仲裁机构采用的这种做法，要求当事人如有管辖权异议应在仲裁庭第一次开庭前提出。仲裁法第二十条规定，“当事人对仲裁协议的效力有异议的，应当在仲裁庭首次开庭前提出。”
3、不规定提出异议的时限。有些国家的仲裁法和仲裁机构的仲裁规则对当事人提出管辖权抗辩的时限未作任何规定，这意味着当事人可以随时提出抗辩。
第一种做法较为注重仲裁程序的效率，当事人如在特定时间内没有提出协议效力异议，则在其后的仲裁程序中丧失了这一权利;第三种做法较为注重尊重当事人的自由，但失之随意，为拖延仲裁程序开了方便之门;我国的规定较为少见，仲裁庭第一次开庭时间肯定在首次答辩期限届满(提交答辩书)之后，而当事人一旦提出协议效力异议，无论是向仲裁机构还是向法院提出，仲裁程序因等待仲裁机构的决定或法院的裁定，处于中止状态，既没有顾及仲裁程序的效率，也让当事人有了拖延仲裁程序的借口。但不管怎样，这也有待于仲裁法修改时才能考虑，仲裁法司法解释也绝不能够违反法律的规定。可以明确的是，在我国，提出仲裁协议效力异议的时间是仲裁庭首次开庭前。
附：仲裁法司法解释
最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》已于2005年12月26日由最高人民法院审判委员会第1375次会议通过，现予公布，自2006年9月8日起施行。
二○○六年八月二十三日
最高人民法院关于适用《中华人民共和国仲裁法》若干问题的解释(2005年12月26日最高人民法院审判委员会第1375次会议通过)法释〔2006〕7号
根据《中华人民共和国仲裁法》和《中华人民共和国民事诉讼法》等法律规定，对人民法院审理涉及仲裁案件适用法律的若干问题作如下解释：
第一条仲裁法第十六条规定的“其他书面形式”的仲裁协议，包括以合同书、信件和数据电文(包括电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件)等形式达成的请求仲裁的协议。
第二条当事人概括约定仲裁事项为合同争议的，基于合同成立、效力、变更、转让、履行、违约责任、解释、解除等产生的纠纷都可以认定为仲裁事项。
第三条仲裁协议约定的仲裁机构名称不准确，但能够确定具体的仲裁机构的，应当认定选定了仲裁机构。
第四条仲裁协议仅约定纠纷适用的仲裁规则的，视为未约定仲裁机构，但当事人达成补充协议或者按照约定的仲裁规则能够确定仲裁机构的除外。
第五条仲裁协议约定两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁;当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。